El programa de FPN,  cumple con una serie de objetivos que nos planteamos desde la filosofía y metodología de la escuela, como una parte importante para el desarrollo integral de nuestros alumnos. La filosofía para niños y jóvenes parte de la premisa de que los alumnos son interlocutores intelectuales competentes, y busca dar foro a sus ideas al tiempo que propicia la formación y fortalecimiento de numerosas habilidades del pensamiento, de manera sistemática. Este programa se practica en todos los niveles escolares (una hora a la semana), con ajustes según la edad. En preescolar, se utilizan juegos y materiales como cuentos. En primaria, el acercamiento es a través de la lectura de las novelas creadas por Mathew Lipman y guiados por los Manuales  elaborados con apoyo de Ann Sharp. En secundaria, se buscan materiales que sean significativos para los alumnos y se introduce la observación del proceso de discusión y la reflexión sobre las habilidades de pensamiento.

Así, los niños y las niñas del CEM, potencian sus habilidades de pensamiento, dentro de una verdadera comunidad de indagación que apoya la formación de mejores personas, ciudadanos conscientes, críticos, en busca de una verdadera comunidad democrática.

El CEM, forma parte del Centro Mexicano de FpN y recibe de manera anual la visita de su presidente y maestro, Eugenio Echeverría, quien observa y retroalimenta el trabajo de los diferentes maestros y maestras de FPN, en el CEM.